Claude repère un système enzymatique inédit aux airs de CRISPR

Un labo de biologie chez un labo d'IA

Anthropic annonce la création d'un groupe de recherche en sciences de la vie, avec un laboratoire physique installé dans la Bay Area. L'objectif : faire de la biologie fondamentale avec Claude, en explorant des jeux de données ADN pour identifier des familles de protéines non caractérisées, générer des hypothèses en masse et les tester à la paillasse.

L'équipe est composée de chercheurs spécialisés dans l'analyse computationnelle de l'ADN, dont les travaux antérieurs portaient sur l'évolution et la régulation de CRISPR ou sur de nouvelles enzymes pour les thérapies cellulaires et géniques. Elle s'intègre à l'organisation life sciences d'Anthropic, aux côtés d'équipes consacrées à la découverte de médicaments et à l'entraînement de Claude en biologie et chimie.

Le labo reste volontairement modeste sur le plan du risque : uniquement BSL-1 et BSL-2, aucun pathogène capable d'infecter l'humain. Et toutes les manipulations sont faites par des humains, l'automatisation robotique s'accordant mal avec les workflows improvisés de la biologie moléculaire.

L'héritage des « bizarreries » de la nature

Anthropic replace sa démarche dans une longue lignée de découvertes nées d'une anomalie repérée dans la nature. Les enzymes de restriction, issues du système immunitaire bactérien, ont lancé l'industrie des biotechnologies. La Taq polymérase, trouvée dans une source chaude de Yellowstone, est devenue la base de la PCR.

CRISPR, enfin, a d'abord été remarqué comme une séquence répétée inhabituelle dans l'ADN de certaines bactéries avant de devenir le socle des médicaments d'édition génique. La question posée par Anthropic : un modèle généraliste peut-il systématiser et accélérer ce type de trouvailles ?

Comment Claude a trouvé ART

Le point de départ est un simple prompt demandant de chercher de nouveaux exemples intéressants de transcriptases inverses, ces enzymes qui copient l'ARN en ADN. Environ 950 agents ont travaillé 21 heures, parcourant les familles de RT et jugeant eux-mêmes quels candidats méritaient attention.

L'un d'eux, en lisant la séquence brute près d'une RT atypique trouvée dans un jumbo phage, a repéré un réseau de répétitions en tandem. Il a ensuite procédé comme un chercheur : comptage des répétitions, mesure de l'espacement, comparaison avec les systèmes RT connus, recherche bibliographique, puis rapport soumis aux humains.

La RT elle-même avait déjà été identifiée dans des études antérieures. Ce que Claude semble avoir été le premier à noter, ce sont les traits distinctifs du système : le réseau de séquences non codantes associé et une protéine accessoire de fonction inconnue.

Un système encore mystérieux, mais prometteur

ART, présent surtout chez les bactériophages, réunit trois éléments : la RT, un gène partenaire et une longue série de répétitions régulièrement espacées. Cette combinaison n'a été observée que dans une poignée d'autres systèmes, tous programmables et capables de couper, copier ou coller de l'ADN.

Les premières expériences montrent que le réseau est transcrit en courts ARN distincts, comme les banques d'ARN guides qui rendent CRISPR-Cas programmable. Mais la fonction principale d'ART reste inconnue, et Anthropic assume de publier tôt, via un pre-print, pour montrer les capacités de Claude et ouvrir le sujet à la communauté.

Les hypothèses deviennent un objet d'étude

Le workflow type : Claude lit la littérature, reproduit des résultats établis pour valider ses méthodes, cherche des protéines qui ne correspondent à aucun système décrit, rédige un rapport par candidat, puis critique ses propres preuves. La plupart des pistes sont éliminées ; une campagne peut aboutir à un seul candidat, voire aucun.

Comme Claude produit des centaines ou des milliers de rapports par campagne, l'équipe étudie ce qui distingue les propositions jugées dignes d'être testées. Ces enseignements sont réinjectés dans les instructions pour apprendre à Claude à imiter le « goût scientifique » des chercheurs. Le tout tourne dans Claude Science et Claude Code, parfois avec un harness maison qui orchestre des sessions en parallèle.